Das Inntal ist seit Jahrhunderten zentraler Lebensraum. Die vielfältigen Nutzungen des Gewässers, etwa als Transportweg oder Energielieferant führten zu massiven Umgestaltungen und Beeinträchtigungen des Flusssystems. So liegen bereits aus dem 13. Jahrhundert schriftliche Aufzeichnungen über Regulierungsmaßnahmen, so genannte „Archen“, vor. Später wurden groß angelegte Regulierungsmaßnahmen geplant und durchgeführt. Diese haben entscheidend zur Einengung des Flusses im Talbereich geführt und die Auwälder großteils vom Hauptfluss abgeschnitten.
Der große Flächenbedarf für Siedlungen, Gewerbe und Industrie vor allem in der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts brachte schließlich weitere große Verluste für die Augebiete am Inn. Den letzten massiven Eingriff in den Bestand der Auwälder am Inn stellte der Autobahnbau dar. Heute sind nur noch verhältnismäßig kleine Auenreste (ca. 210 ha) im Inntal vorhanden.
Diese Reste verbliebener Auwaldflächen stehen zum Großteil im Besitz des „Öffentlichen Wassergutes“. Ohne diese Bundesflächen wären heute praktisch keine Innauen in Tirol mehr vorhanden. Die Wasserkraftnutzung hatte und hat ebenfalls massiven Einfluss auf den „ökologischen Zustand“ des Tiroler Inn. Durch den Bau von Laufkraftwerken in Tirol und Bayern wurden die Jahrtausende alten Wanderwege für Fische und andere Wasserorganismen zu unüberwindlichen Barrieren.
Die massiven Folgen der übermäßigen und ökologisch nicht verträglichen Eingriffe werden heute erkannt und neue Wege beschritten. Die österreichische Bundeswasserbauverwaltung hat in Zusammenarbeit mit dem WWF begonnen, in Pilotprojekten großflächige Flusslebensräume an unterschiedlichen Flüssen wiederherzustellen. Die gelungenen Initiativen der Wasserwirtschaft in Tirol zur Wiederherstellung der Fließgewässer z. B. im Tiroler Lechtal, an der Vils, am Kohlenbach in der Gemeinde Schwendt und an der Grossache sind heute international und national als positive Beispiele bekannt und Vorbild für derartige Vorhaben. Dazu wurden von Bund und Land öffentliche Mittel in erheblichem Ausmaß aufgewendet.
